Os serviços de Cirurgia Geral e Especialidades do Hospital Universitário Prof. Alberto Antunes, apesar das dificuldades vivenciadas e comuns a todos os hospitais universitários no país, apresentou no ano de 2009 um crescimento significativo, não só em números de procedimentos como na complexidade e implementação de novas tecnologias.
Além disso, a residência médica de cirurgia geral pontua como excelência tendo visto a aprovação e destaque dos seus egressos nos principais serviços de cirurgia do país. O serviço de cirurgia digestiva e oncológica tem tido participação significativa nos congressos de cirurgia realizados em nível nacional, particularmente nos patrocinados pelo Colégio Brasileiro de Cirurgiões e Sociedade Brasileira de Cirurgia Laparoscópica, com número sempre superior a 20 (vinte) trabalhos apresentados. No Congresso Paulista de Cirurgia, um de seus trabalhos obteve o prêmio de melhor Tema Livre.
No ano de 2009 o Serviço de Cirurgia do HUPAA realizou em média 376 cirurgias mensais, sendo que a grande maioria é de procedimentos de média e alta complexidade. O Hospital Universitário é referência para cirurgia da obesidade, neurocirurgia, cirurgia de vesícula e vias biliares, cirurgia do esôfago, estômago e pâncreas, cirurgia urológica laparoscópica, além de atuação marcante em diversas especialidades cirúrgicas.
A colocação em funcionamento de um Arco Cirúrgico de última geração com supressão de imagens veio permitir o desenvolvimento de novas técnicas cirúrgicas e aprimoramento das já executadas na instituição, particularmente no campo da cirurgia das vias biliares, neurologia, cirurgia urológica e vascular.
Isto é particularmente evidente na cirurgia laparoscópica das vias biliares onde o HUPAA é um dos pioneiros no país. Recentemente foi adquirido um bisturi harmônico com possibilidade de reesterilização dos seus componentes de trabalho o que vem abrindo um vasto campo para moderna técnica cirúrgica.



